Вы перед удалением файла эмулятор остановили? Затем стартанули его? Настройки файла сервер из биллинга используются?
И как выше вам уже написали, обратите внимание на расположение файлов, они должны быть в папке /etc/tuxbox/config если такой нет, создайте ее и поместите туда файлы