У меня, помнится, как-то была проблема с S36E - vdr говорил на них encrypted, не знаю почему.
В данном случае, по-моему, проблема в другом. Сравните старый и новый вариант:
В новом не прописаны caid - в поле CA стоит 0, что значит открытый канал (http://linuxtv.org/vdrwiki/index.php/Syntax_of_channels.conf#CA_-_Conditional_access). Чтобы scan-s2 проставлял это поле, нужно добавить ключик -x -2: