Естественно всё слетит,перед обновлением ПО,всегда надо сбрасывать в заводские настройки,до и после установки.Настройки шары останутся.Никогда не сохраняйте системные данные,все косяки перейдут снова,одно дело если у Вас всё работает как часы ,список каналов можете сохранять,но лучше что бы все было окей в будущем, желательно после глобальной чистки допустим сервисным создать новый,дабы не занести старые косяки списка каналов
P.S. Советую пройтись сервисным с установкой как говорится с нуля