Surecom стоит почти такой же жесткий диск и никаких проблем. У меня WD6400BPVT, отличается от вашего только технологией Advanced Format. Проверьте, может включили опцию автоматической чистки временных файлов MEDIA_CLEAN? У меня эта опция работает только для записей с таймшифтом, обычные записи не трогает. Еще можно попробовать поставить настройку HDD_SLEEP=0 (никогда не спать), убедиться что в качестве устройства для записи стоит HDD_DEVICE="sda2".