SkywayHD, TS-Доктор не клеит, только исправляет ошибки потока. Лучше до обработки доктором слепить файлы в один.
Можно Тоталом (копировать в одно имя и выбирать "дописать файл").
Можно просто командой windows COPY (в dos-box). Типа так:
copy /b d:\xyz.ts + d:\xyz.ts1 + d:\xyz.ts2 d:\XXX.ts
и потом обработать ts-doctor'ом суммарный файл XXX.ts